Im Herbst 1944 begann für die Donauschwaben eine Zeit massiven Leids. In den von Partisanen kontrollierten Gebieten kam es zu willkürlichen Erschießungen und massenhaften Vergewaltigungen. Zehntausende wurden in Arbeits- und Internierungslager gesperrt, in denen Hunger, Krankheiten und Gewalt herrschten. Viele starben an Entkräftung, Misshandlungen oder Seuchen.
Mehr als 100.000 Donauschwaben wurden zur Zwangsarbeit in die Sowjetunion deportiert. Angesichts von Gewalt, Bedrohung und völliger Rechtlosigkeit flohen viele Menschen – vor allem Frauen, Kinder und Alte – aus Angst um ihr Leben oder wurden vertrieben. Wer nicht fliehen konnte oder wollte, war systematischer Enteignung, Entrechtung und Internierung ausgesetzt.
Die Verfolgung und Vertreibung beruhte nicht allein auf Rache für die nationalsozialistische Besatzung und die Verbrechen Einzelner. Sie folgte zugleich politischen und ideologischen Zielen: In den neuen sozialistischen Staaten sollte ein ethnisch homogener Nationalstaat entstehen. Die deutsche Minderheit galt pauschal als schuldig und unerwünscht. Hinzu kam ein wirtschaftliches Interesse: Große landwirtschaftliche Flächen, Höfe und Häuser befanden sich im Besitz der Donauschwaben und sollten neu verteilt werden.
Innerhalb kurzer Zeit verschwand die jahrhundertealte donauschwäbische Präsenz in weiten Teilen Südosteuropas nahezu vollständig – vor allem in Jugoslawien und dem heutigen Serbien.