Eine formaljuristische Grundlage für die Vertreibungen versuchte Beneš zunächst durch Präsidialdekrete zu schaffen, welche die Enteignung und Entrechtung der Deutschen regelten und später vom Parlament bestätigt wurden.
Die Siegermächte sanktionierten den „Transfer“ der Sudetendeutschen erst auf der Potsdamer Konferenz Anfang August 1945, wobei sie aber zur Auflage machten, die Deportationen künftig „geordnet und human“ durchzuführen. Bis Juli 1945 waren jedoch bereits rund 750.000 Sudetendeutsche vertrieben worden. Die organisierte Ausweisung begann im Januar 1946 und war Ende des Jahres abgeschlossen: Noch einmal fast zweieinviertel Millionen Menschen verloren Besitz und Heimat.
Die Transporte bestanden oft aus rund 40 Waggons mit etwa 1.200 Menschen. Die Züge mit den Sudetendeutschen kamen – wie weitere Millionen Deutsche aus anderen Ostgebieten – zunächst in deutschen Grenzdurchgangslagern an, die von den Alliierten eingerichtet worden waren, um die Verteilung innerhalb der Besatzungszonen zu organisieren. Rund 750 000 Sudetendeutsche gelangten so in die SBZ, 1,75 Mio. in den Westen. In Bayern erfolgte die Aufnahme hauptsächlich über Furth im Wald, Wiesau, Hof-Moschendorf und Piding.
Der Termin der Aussiedlung wurde meist ein bis zwei Tage vorher mitgeteilt, dann kamen die Betroffenen in Sammellager, wo sie bis zu drei Wochen auf den Abtransport warten mussten. Von dort ging es zu Bahnstationen. Pro Person waren maximal 30 bis 50 kg Gepäck erlaubt. Die Transporte bestanden aus je 40 Waggons und ungefähr 1200 Personen.
