Während des Zweiten Weltkriegs gerieten die Donauschwaben zunehmend zwischen die Fronten. Viele Männer hatten zuvor ihren regulären Militärdienst in den Armeen ihrer Heimatstaaten, etwa Jugoslawiens, geleistet. Nach der deutschen Besatzung wurden sie jedoch als Angehörige der deutschen Minderheit von der Wehrmacht rekrutiert und vielfach der Waffen-SS zugeteilt – oft unter massivem Druck, Zwang oder Strafandrohung.
Besonders im Kampf gegen kommunistische Partisanen beteiligten sich deutsche Einheiten, darunter auch donauschwäbische Soldaten, an Kriegsverbrechen gegen die Zivilbevölkerung. Diese Gewaltakte belasteten das Zusammenleben im Donauraum schwer und zerstörten über Generationen gewachsenes Vertrauen.
Gegen Ende des Krieges kehrte sich die Situation dramatisch um. Mit dem Vormarsch der Roten Armee im Herbst 1944 brach die bisherige Ordnung zusammen, und die Nähe mancher Donauschwaben zum NS-Regime hatte verheerende Folgen für die gesamte Volksgruppe.